Walter Sergei Skinner (interpretado por Mitch Pileggi) es el director adjunto del FBI. Skinner supervisa las oficinas de los Expedientes X. Al principio, Skinner no se muestra convencido ante las creencias del Agente Mudler y su búsqueda con lo paranormal, sin embargo, mientras continúa la serie, Skinner muestra tener más confianza en el trabajo de Mudler y Scully, hasta convertirse en su aliado.