Se denomina como mitología o episodios mitológicos a los capítulos de la serie que tratan la trama central de la teoría de la conspiración. Frente a estos encontramos los episodios denominados como "Monstruo de la semana", los episodios que sirven como desarrollo de personajes, y los episodios independientes.
| Temporada | Lista de episodios |
|---|---|
| 1 |
Pilot Deep Throat Fallen Angel E.B.E. The Erlenmeyer Flask |
| 2 |
Little Green Men Duane Barry Ascension One Breath Red Museum Colony End Game Anasazi |
| 3 |
The Blessing Way Paper Clip Nisei 731 Piper Maru Apocrypha Talitha Cumi |
| 4 |
Herrenvolk Musings Of A Cigarette-Smoking Man Tunguska Terma Memento Mori Tempus Fugit Max Zero Sum Demons Gethsemene |
| 5 |
Redux 'Redux II' Christmas Carol Emily Patient X The Red And The Black The End |
| Película | Expediente X: Enfréntate al futuro |
| 6 |
The Beginning S.R. 819 Two Fathers One Son Biogenesis |
| 7 |
The Sixth Extinction The Sixth Extinction II: Amor Fati Sein Und Zeit Closure En Ami Requiem |
| 8 |
Within Without The Gift Per Manum This Is Not Happening Deadalive Three Words Vienen Essence Existence |
| 9 |
Nothing Important Happened Today Nothing Important Happened Today II Trust No 1 Provenance Providence William The Truth I & II |
Información Adicional[]
Los episodios 1x03 - "Squeeze" y 1x21 - "Tooms", aunque catalogados como "Monstruo de la semana", introducen a un personaje capital para la serie, el mutante asesino en serie Eugene Victor Tooms.
El episodio 2x23 - "Wetwired" puede incluirse dentro de la trama principal pero se centra más en la relación entre Mulder y Scully.
En la cuarta temporada el episodio 4x12 - "Leonard Betts" revela un detalle importante para el desarrollo de la trama principal, y el '''4x23 - "Demons", aunque más centrado en el desarrollo del personaje de Samantha Mulder, también trata algo de la trama central.
Los episodios 5x03 - "Unusual Suspects" y 6x20 - "Three of a Kind" giran en torno a los "Pistoleros Solitarios" ("Lone Gunmen") y como conocieron a Fox Mulder.
En la séptima temporada el episodio 7x04 - "Milennium" sirve para conocer el final de la serie homónima creada por Chris Carter y que fue cancelada.
Los episodios 8x05 - "Invocation", 8x17 - "Empedocles" y 9x17 "Release" giran sobre la figura del Agente Especial del FBI John Doggett.
En la novena temporada el episodio 9x15 - "Jump the Shark" muestra el final del cancelado spin-off de los pistoleros solitarios llamado "The Lone Gunmen".