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Se denomina como mitología o episodios mitológicos a los capítulos de la serie que tratan la trama central de la teoría de la conspiración. Frente a estos encontramos los episodios denominados como "Monstruo de la semana", los episodios que sirven como desarrollo de personajes, y los episodios independientes.

Temporada Lista de episodios
1

Pilot

Deep Throat

Fallen Angel

E.B.E.

The Erlenmeyer Flask

2

Little Green Men

Duane Barry

Ascension

One Breath

Red Museum

Colony

End Game

Anasazi

3

The Blessing Way

Paper Clip

Nisei

731

Piper Maru

Apocrypha

Talitha Cumi

4

Herrenvolk

Musings Of A Cigarette-Smoking Man

Tunguska

Terma

Memento Mori

Tempus Fugit

Max

Zero Sum

Demons

Gethsemene

5

Redux 

'Redux II'

Christmas Carol

Emily

Patient X

The Red And The Black

The End

Película Expediente X: Enfréntate al futuro
6

The Beginning

S.R. 819

Two Fathers

One Son

Biogenesis

7

The Sixth Extinction

The Sixth Extinction II: Amor Fati

Sein Und Zeit

Closure

En Ami

Requiem

8

Within

Without

The Gift

Per Manum

This Is Not Happening

Deadalive

Three Words

Vienen

Essence

Existence

9

Nothing Important Happened Today

Nothing Important Happened Today II

Trust No 1

Provenance

Providence

William

The Truth I & II

Información AdicionalEditar

Los episodios 1x03 - "Squeeze" y 1x21 - "Tooms", aunque catalogados como "Monstruo de la semana", introducen a un personaje capital para la serie, el mutante asesino en serie Eugene Victor Tooms.

El episodio 2x23 - "Wetwired" puede incluirse dentro de la trama principal pero se centra más en la relación entre Mulder y Scully.

En la cuarta temporada el episodio 4x12 - "Leonard Betts" revela un detalle importante para el desarrollo de la trama principal, y el '''4x23 - "Demons", aunque más centrado en el desarrollo del personaje de Samantha Mulder, también trata algo de la trama central.

Los episodios 5x03 - "Unusual Suspects" 6x20 - "Three of a Kind" giran en torno a los "Pistoleros Solitarios" ("Lone Gunmen") y como conocieron a Fox Mulder.

En la séptima temporada el episodio 7x04 - "Milennium" sirve para conocer el final de la serie homónima creada por Chris Carter y que fue cancelada.

Los episodios 8x05 - "Invocation", 8x17 - "Empedocles" 9x17 "Release" giran sobre la figura del Agente Especial del FBI John Doggett.

En la novena temporada el episodio 9x15 - "Jump the Shark" muestra el final del cancelado spin-off de los pistoleros solitarios llamado "The Lone Gunmen".